Compañía Argentina de Transportes Aéreos Comercial e Industrial, tal fue su denominación original, creada en 1957 con los auspicios de la Sociedad Anónima Importadora y Exportadora de la Patagonia. Comenzó su tarea desde Aeroparque hacia el sur argentino en enero del 58 con aeronaves Curtiss C-46 además realizaba vuelos de carga no regular a Miami, U.S.A.

En junio de 1961 se crea una tercera compañía llamada ALA y AUSTRAL S.A con la cual se implementaba la operación conjunta de ambas empresas.

Los primeros Curtiss fueron reemplazados por Douglas DC-6 y posteriormente con los bi-reactores BAC-11 y los turbohélices japoneses Nihon YS11, a partir del año 1967.

En el año 1971 se logra una fusión completa de ambas empresas, pasando a denominarse Austral Líneas Aéreas S.A. pero no se unificó el esquema gráfico de sus fuselajes debido al colorido lanzamiento efectuado por la nueva empresa Austral Líneas Aéreas sobre el metal de su flota.

A menudo era comentado el problema que denotaban las estrechas bodegas del avión nipón. Por lo tanto en más de un vuelo los YS-11 fueron secundados por el versátil C-46 LV-FSA que se mantenía en la empresa como transporte de carga. Para 1979, los YS-11 fueron desprogramados y vendidos a LAPA.

Las Aeronaves Bac 1-11 fueron incorporadas a finales de los 70´ y desprogramados a finales de los 80´.

En el año 1978, se incorporan nuevas aeronaves del tipo DC-9 serie 50.

Así mismo en la década del 80, comienza la incorporación a su flota las aeronaves DC-9 Super 80 o más conocidos como MD-80. Austral recibe 3 aviones de la serie MD-81, siendo una de las aerolíneas lanzadoras en la operación del MD. En 1991 se recibieron 2 aviones más del modelo MD-83 y un tercero en 1992 que voló solo un tiempo, luego fue transferido a Aerolíneas Argentinas, regresando a la flota de Austral en marzo del 2005. En los años 90 se incorporan 8 aeronaves 737-200 derivadas de la compañía Air France.

En junio y octubre de 2004, a partir de un proceso de renovación y expansión de flota, se recibieron dos unidades del modelo 83 proveniente el primero de la quebrada Flying Finn y el segundo de Spirit Airlines. En abril de 2005 se recibió otro MD 83 también proveniente de la desaparecida Flying Finn. En este sentido se homogeneizó la flota adoptándose las aeronaves MD-80 única línea.

Paralelamente en los 90´ se crea la empresa Inter-Austral, que operaba con aeronaves Casa CN-235, con base inicialmente en la provincia de Córdoba y luego en sus finales, cerca de fines de los 90`, operada desde Buenos Aires realizando vuelos uniendo las ciudades de Mendoza, Río Cuarto, San Rafael, Tucumán, Salta, Jujuy y Rosario.

Hasta el año 2012, Austral operaba con aeronaves MD de la serie 81, 82, 83 y 88. En el año 2012 la empresa decidió reemplazar la flota MD-80 por aeronaves Embrear 190.

En la actualidad Austral Líneas Aéreas cuenta con un plantel de 358 pilotos y una flota de 20 aeronaves E-190 para cumplimentar con las rutas de cabotajes y vuelos regionales que realiza la compañía.